XFree 3.x では追加のポインティングデバイス、例えばマウスやタブレットは
Xinput セクションの記述で定義します。
一個目のマウスは通常通り
| Section "Pointer"
    Protocol    "PS/2"
    Device      "/dev/mouse"
EndSection | 
として定義します。
上記の例では、通常の三つボタン PS/2 マウスです。
この設定はトラックポイントでも動作します。さて、USB マウスですが、
|     Section "Xinput"
  SubSection "Mouse"
    DeviceName "USB Mice"
    Protocol "IMPS/2"
    ZAxisMapping 4 5
    Port "/dev/input/mice"
    Alwayscore
  EndSubSection
EndSection | 
とします。
私のマウスはホイールマウスなので、プロトコルは 
IMPS/2
になります。ホイールマウスを動作させるには、ZAxisMapping の行も必要です。
私はこのマウスをもう一つのマウスと常時両方使うようにしています。
このように使うための設定が、
AlwaysCore
オプションです。例えば、
COM1
につながっているシリアルマウスの場合なら、
Port の所を
"/dev/ttyS0" と書き換えます。