X の設定ファイルが置かれる位置は、どのリリース番号の X を使っているかや
どのディストリビューションを利用しているかによって異なりますが、おそらく 
/etc/Xconfig か /etc/XF86Config もしくは /usr/X11/lib/X11/XF86Config のいずれかでしょう。どれに当たるかは、
X 起動の際に確認できるはずです。すべてのオプションが画面に出力される前に、
設定ファイル名が表示されると思います。設定ファイルの書き方は、XF86Config 
と Xconfig ファイルとでは若干異なるので、両方のファイルについて説明します。
Microsoft シリアルマウス
Section "Pointer"
    Protocol "microsoft"
    Device "/dev/mouse"
EndSection
#
# Mouse definition and related parameters
#
Microsoft      "/dev/mouse"
3 ボタンエミュレーション時の Microsoft シリアルマウス
Section "Pointer"
    Protocol "microsoft"
    Device "/dev/mouse"
    Emulate3Buttons
EndSection
#   
# Mouse definition and related parameters
#
Microsoft      "/dev/mouse"
Emulate3Buttons
MouseSystems 3 ボタン・シリアルマウス
Section "Pointer"
    Protocol "mousesystems"
    Device "/dev/mouse"
    ClearDTR            #  These two lines probably won't be needed,
    ClearRTS            #  try without first and then just the DTR
EndSection
#
# Mouse definition and related parameters
#
MouseSystems    "/dev/mouse"
ClearDTR                #  These two lines probably won't be needed,
ClearRTS                #  try without first and then just the DTR
gpm -R 起動時の Microsoft シリアルマウス
Section "Pointer"
    Protocol "MouseSystems"
    Device "/dev/gpmdata"
EndSection
#
# Mouse definition and related parameters
#
MouseSystems      "/dev/gpmdata"